本校以耶穌基督救世愛人精神為根基，以「敬天愛人、謙忍卓決」為校訓，效法馬偕博士「寧願燒盡、不願朽壞」典範，以「融合馬偕人文與卓越學用之醫學典範大學」為校務發展願景，積極推動以下校務發展策略，培育愛人如己、關懷弱勢的醫事專業菁英：

一、完善教育環境 培育優質人才
二、發展特色研究 優化研發成果
三、掌握時代需求 創新永續藍海
四、秉持信仰精神 善盡社會責任

馬偕醫學院 校訓
敬天愛人 謙忍卓決

基本素養
敬天愛人 (天)
社會與環境責任 (地)
人文關懷 (人)
團隊精神 (心)

核心能力
專業與創新
主動學習
溝通與合作
自省與批判
國際觀與競爭力