源起與使命
馬偕紀念醫院創始於1880年，是北台灣最古老的西式醫院，100多年來從事醫療傳道，造福無數病患。但近年來醫療生技快速進步，深切體會到沒有基礎研究及教學的支持，臨床服務有其侷限，傳承不易，尤其社會環境丕變，醫療人員服務奉獻的熱情日漸淡薄，有感於此，馬偕紀念社會事業基金會也就是馬偕紀念醫院的董事會遂於1995年開始籌設醫學院，立意以耶穌基督救世服務人群的愛心，效法馬偕博士「寧願燒盡，不願銹壞」之精神，結合馬偕紀念醫院既有之臨床醫療基礎、充沛之研究與教學能力，培育富有尊重生命、關懷弱勢族群之醫療專業人才，並以基督信仰為基礎，提供學生「身、心、靈完整醫治」之全人醫學教育訓練為前提，設校興學。歷經十數年的努力，於2009年3月30日立案申請通過，教育部准予立案並同意於同年開始招生。
校區
馬偕醫學院校區座落於風景優美、民風純樸的新北市三芝區，面積十九公頃，緊臨同樣是馬偕紀念社會事業基金會所設創設的馬偕醫護管理專科學校，是個非常適合學習的好環境。校舍建築立面延續馬偕精神，參考「牛津學堂」、「英國領事館」等建築風格，典雅富人文氣息，與自然環境融合成一體。將來兩校合併成立馬偕大學，全校面積廣達三十一公頃，全部座落於平緩的山坡地帶，面向台灣海峽，山巒起伏，藍天碧海，視野遼闊，形成最優良之學習與活動空間。因屬新設立之學校，教學設備最先進，資訊化完善。
學校定位
本校是國內設有醫學系的第12所大學院校，校區位於新北市三芝區西南側，近淡金公路，背山面海，環境清幽，為設立學校及培訓優質醫事專業人員的極佳校區。98學年度成立醫學系與護理學系，101學年度成立聽力暨語言治療學系及生物醫學研究所，104學年度成立長期照護研究所，108學年度成立高齡福祉科技研究所及生物醫學研究所博士班，109學年度成立聽力暨語言治療學系碩士班及長期照護碩士在職專班，並於112學年度成立視光學系及護理學系碩士班，目前共計有四系三所及全人教育中心，並依據社會發展需求與中程校務發展計畫，持續針對新興專業申設新系所，以擴大學校規模。本校以馬偕紀念醫院體系為主要教學醫院與學生實習場所，並積極尋求與國內外學校與醫療機構合作交流，擴大學生學習視野。擁有充足與具專業學能之醫事人員是提升國民健康與醫療服務之根本，而提供良善的醫事教育環境及精進學術研究，以培育優質之專業醫事人員為國家社會所用，則是本校辦學目標與責任。本校將依原設校計畫分期擴增學校規模，並依各期中程校務發展計畫推動校務與教學研究之精進，期能以優質教學培育專業醫事人才為緯，以特色研究成就教師生涯發展為經，定位為教學與研究相輔相成之精緻醫學大學院校。
馬偕薪傳
馬偕醫學院期待能以延續馬偕精神和培養兼具愛心與服務熱忱之明日良醫與優秀護理人員、同時提升醫學人文教育及增進學習效能、均衡醫療資源並照顧弱勢族群、擴展國際觀與協助醫療外交為日後推動教學業務之圭臬。期許將馬偕博士「寧願燒盡，不願銹壞」之精神延續傳承下去。
